研究发现用于发酵的开菲尔乳酸菌分两个重要支系：一个支系主要包括来自欧洲(德国)、亚洲沿海和岛屿地区(广东、台湾岛和日本、新加坡)的菌株，其符合从高加索扩散到欧洲及亚洲和东南亚沿海地区的扩散路线；另一支系主要包括分布在东亚内陆地区(包括西藏)的菌株，新疆塔里木盆地古人群用于发酵开菲尔酸奶的菌株便来自该支系，且处在基部位置。这就表明，存在另一条通过技术文化交流将开菲尔酸奶制作工艺从新疆地区传播至东亚内陆的传播路线。
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