一是对环境压力的适应性，相比于青铜时代的开菲尔乳酸菌，现代开菲尔乳酸菌的菌株中出现了可能参与到耐药机制的基因簇；二是细菌基因组防御机制的增强，现代开菲尔乳酸菌出现与细菌自身免疫相关的基因簇，能对抗外源DNA入侵，从而维持基因组的稳定性；三是对人类肠道环境相关的适应，现代开菲尔乳酸菌的菌株中出现与细胞壁表面结构及潜在的与宿主会发生相互作用的基因簇，这些基因簇的出现很可能与其自身和人类的长期互动有关。
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